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核酸提取纯化主要应用场景及解决方案!
发布时间:2024-04-15 14:04:56 来源:米乐6体育app官网下载 作者:米乐官方平台米乐入口

  分子诊断实验中经常会用到EDTA、肝素、柠檬酸盐抗凝剂和巴菲涂层制剂的血液样品及各种细胞组织,不同样本通常要用到不同的提取程序,甚至需要不同的试剂盒来完成。

  新冠爆发两年多来,随着“全民核酸检测”这样的术语越来越多出现在大众视野,分子诊断也越来越被普通民众所了解,行业更是迎来了高峰期。我们知道,绝大多数分子诊断实验是以待测样本的核酸(DNA或RNA)为检测对象,而高效地获得高质量且能满足下游实验的核酸是我们大部分分子诊断实验成功的基础和关键。对于不同的应用场景,核酸提取的痛点及解决方案往往相去甚远。

  新冠爆发后,随着越来越高的检测通量需求及检测人员超负荷劳动,一套从原料供给到成熟的低成本可灵活定制的大包装商业化试剂盒再到高通量全自动核酸提取平台的完整一站式解决方案对从事核酸检测的用户来说具有巨大的吸引力。

  近年来随着自动化仪器的迅猛发展,基于磁珠法的核酸提取解决方案因易于实现高通量自动化流程,被越来越多用于分子诊断特别是核酸检测中。为应对新冠核酸检测及区分流感病毒和新冠病毒,LGC, Biosearch Technologies™(即:LGC基因组学部门)专门推出了适用于多种病原菌的核酸纯化试剂盒,可从咽拭子和肺泡灌洗液及痰液中提取高质量高得率的DNA 和RNA, 配合使用Oktopure™全自动高通量核酸提取平台,1个人8小时即可完成多达3500份样品的核酸提取。

  使用RapiDxFire 1-step RT-qPCR 体系对sbeadex™病原菌核酸纯化试剂盒和竞争对手A及竞争对手B核酸纯化试剂盒所得的病毒RNA核酸进行RT-qRCR测试,对于细菌病原菌核酸,qPCR使用的是Power SYBR Green PCR Master Mix及相应的引物和探针。实验均在ABI 7500仪器上进行,实验结果发现三者Cq值结果相当,无显著差异。

  而对于商业化核酸提取试剂盒的生产商,我们也可以为您提供高质量低成本的磁珠裸珠原料,供您生产高质量的商业化核酸提取试剂盒产品!目前我们的磁珠裸珠原料在欧美、韩国、澳洲等地都有大订单客户,用于新冠病毒核酸提取试剂盒的生产。

  我们知道,市面上大多数磁珠试剂盒,都需要乙醇清洗步骤,这样不仅需要晾干步骤,还有乙醇残留影响下游实验应用的风险。而sbeadex磁珠通过创新的两步结合法,省去了晾干步骤,洗液为水基溶液,有效减少了最终纯化核酸样品中的有机溶剂对下游实验的影响。

  sbeadex试剂盒采用一种表面修饰过的超顺磁性磁颗粒,双层coated , 其创新的磁珠两步结合机制(如下图,第一步结合:核酸先是通过极性相互作用和silica结合,然后加入洗液1,将蛋白等大分子杂质洗掉,再加入水基洗液2,将脂类糖酚类等洗掉同时进行第二步结合(核酸通过一种亲和性介质和DNA接头结合);然后可选择性使用加洗液3或纯水,最大限度的洗掉盐离子等残留的杂质,保证得到最纯的核酸;最后再用洗脱液将核酸从磁珠上洗脱),可替代现有的所有商业化基于磁珠法的纯化试剂盒。

  分子诊断实验中经常会用到EDTA、肝素、柠檬酸盐抗凝剂和巴菲涂层制剂的血液样品及各种细胞组织,不同样本通常要用到不同的提取程序,甚至需要不同的试剂盒来完成。有时即使是使用同一个试剂盒,不同组分的使用量也不一样,常常出现一个试剂盒里由于个别组分已经用完导致整个试剂盒都废掉了的尴尬局面,导致了大量的试剂成本浪费。

  为解决以上痛点,我们的sbeadex Blood核酸提取试剂盒为您提供通用提取程序,试剂即开即用,操作简单,轻松从上述血液及组织细胞中提取高质量的DNA及RNA,提取的核酸质量可用于所有分子生物学相关的下游应用,包括普通PCR、qPCR、KASP、BHQplus探针法PCR、克隆酶切一代和二代测序以及基因芯片等。最重要的我们可以根据优化好的提取程序中每种试剂的体积,定制灵活的包装规格,并且每一种成分都可单独购买(多种包装规格可选,96次、960次、以及5000次或完全客户订制化),最大限度为您节约试剂成本!

  大多数基于PCR的下游应用对核酸质量要求不高,但需要快速简便的核酸提取流程,以便提高通量,加快检测流程。这时候一款快速提取试剂盒(5分钟左右即可完成)就显得非常有吸引力。

  LGC,Biosearch Technologies的QucikExtract™系列,仅需要5-8分钟即可完成核酸提取流程,最大限度提高核酸提取实验效率,简化核酸提取流程,结合自动化工作站使用更是可以轻松搞定核酸提取这个限速步骤!

  目前已经证实QucikExtract DNA提取液可以从HeLa细胞、毛囊、尾巴剪切片、细菌细胞、指甲和羽毛中提取用于PCR的基因组DNA。

  新冠爆发后,QuickExtract还被用于新冠病毒核酸的快速提取中。麻省理工学院和哈佛大学博德分校 (Broad Institute) 的CRISPR大咖张峰团队利用QuickExtract DNA预混液5分钟即可完成样品处理流程,无需特别的RNA纯化提取。张峰团队也在临床样本中证明该标准步骤的操作可在鼻咽拭子样本上使用,并且不会影响RT-qPCR实验的灵敏度。

  他们评估了许多缓冲液的成分,以鉴定出其中的一种能够在保持CDC推荐的RT-qPCR反应活性的同时,还能有效裂解包膜病毒的缓冲液。在所有测试的缓冲液中,Quick Extract DNA提取液可提供与标准RNA提取试剂盒一样质量的结果。

  我们知道,早在2004年,由美国太平洋生物科学公司 (PacBio)创立的实时(SMRT)测序是最早被广泛使用的长读测序技术(第三代测序),SMRT测序产生的Reads可达到约200kb,以鉴定遗传变异并进一步研究其基因功能,同时作为动植物基因组组装日臻进步完善的主要驱动力。近年来随着PacBio技术的不断升级,显著改善了测序的准确性,由此,基因组出色的连续度与准确性为科研带来巨大福利。

  此时我们就需要考虑我们的核酸质量可不可以满足如此长reads的需求了。其实不仅是长读长单分子测序、细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库构建、或是重组染色体、质粒、Southern印迹等技术,为解决基因组高度重复区域,段结构变异以及段构象的问题,制备高质量、高分子量的DNA都显的尤为重要。

  各种类型样本均可使用同一试剂盒进行样本裂解消化, 离心后除去蛋白等沉淀,保留上清液, 再清洗掉其他杂质,离心沉淀总核酸,最后根据需要用RNA酶或DNA酶除去RNA或DNA得到目标核酸!


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